#01-忍者
才藏與佐助兩人因被錢迷惑、受人利用，不慎將關有妖怪力量的封印之門誤開。但也因此展開兩人驅除妖道，拯救世界的使命。兩人在三太夫的指引下，與白衣忍者鶴姬相會，並在接受了先人的變身令牌後，成為影子神兵的一員。
#02-奇怪的阿姨
才藏與佐助奉鶴姬命，尋找同伴晴海。而正遭河童夫婦追殺的晴海，因此解圍，並在鶴姬等人引領下正式加入忍者戰隊。但河童與長頸女妖施展妖術，令鶴姬等束手無策，幸好得到忍術秘笈的佐助趕到，與眾人攜手將妖孽消滅。
#03-美國忍者
當佐助、鶴姬等人欲消滅妖怪時，突然一男子出面相助，原來他就是夥伴之一兒雷也。兒雷也一族早期為尋找忍術秘笈，移居海外。因知秘笈在妖怪之手，便潛入敵營。殊不知被識破身分生命垂危，幸好佐助等人相救化解了危機。
#04-妖怪警察
由於晴海被妖怪化身的警察逮捕，鶴姬等人不顧佐助的勸阻，欲前往搭救，但也掉進了妖怪設下的陷阱。佐助為救出夥伴，假扮妖怪潛入敵營。雖身份被識破，但在眾人的協力下，仍將妖怪一舉殲滅、繼續朝著下個目標前進。
#05-凹凸大賭怪
才藏與小弟弟洋一因被妖怪操弄，掉進了妖怪設下的迷宮。原來這迷宮是多眼怪與塗壁怪殘害人類的一種賭博遊戲。逃脫出的才藏為救出陷入危險中的洋一，奮不顧身與敵人單打獨鬥幸好佐助等人即時趕到，才化解了這場危機。
#06-多眼王子殿下
塗壁怪為一雪前恥，決定與多眼怪對影子神兵的首領鶴姬下手。假冒王子的多眼怪利用妖術讓鶴姬誤以為白馬王子出現。雖然被騙的鶴姬發現了王子的真面目，但因身陷敵營無計可施正當緊要關頭時，佐助等人出現，化解了危機。
#07-大塊頭
晴海的食量突然變的奇大無比，只要是能吃的東西，他一概不會放過，這到底是怎麼回事呢，原來餓鬼妖怪跑進晴海肚子裏去了，為了誘出那討厭的餓鬼妖怪，鶴姬決定以自己為誘餌，將晴海肚子裏的妖怪誘出來，他們的計劃能夠成功嗎？
#08-妖貓客棧
一群孩子突然間消失的無影無蹤，孩童們消失的同時忍者戰隊們亦是不見人影，後來發現是妖貓在做怪，忍者戰隊去救回孩童，而這當中由於貓丸的幫助，忍者戰隊終救回孩童，又解決又一場的傷害。
#09-驚人的實況轉播迷
經常會不由自主的將自己誤以為是電視裏的主角，在妖界中有個醜男也是標準的電視迷，為了想上電視無所不用其極，這兩個男人碰在一起，又會發生什麼事呢？
#10-子泣爺爺
子泣爺出現了，他看到大家都有自己的家族，覺得非常的羨慕，因此決定付予娃娃生命，讓娃娃們成為自己的家族，他會用什麼樣的方法呢？
#11-破爛妖怪
晴海被可愛的樁所吸引，因此偷偷帶著佐助等人的衣服來到了跳蚤市場，此時在場中卻出現了一位不速之客破爛妖怪稀落無，他會帶來什麼樣的風波呢？
#12-新獸將出現了
之前被影子神兵所打倒的妖怪們，居然又再度復活了！而且，在歪博士的改造下，他們變得比以前更強壯了， 影子神兵會如何應付這些妖怪呢？
#13-遠離不幸
小浩家莫名其妙的發生了一連串不幸的事件，先是小浩的爸爸，無緣無故的一睡不起，接下來是原本生意興隆的麵包店卻被金靈給破壞的無法繼續營業，小浩與母親只好借用貓丸車販售糕點，接下來，又會發生什麼事情呢？
#14-我是貴公子
妖怪世界裏出現了一位貴公子，這位貴公子的真正身分並沒有人知道，只知道他很有權力，不僅如此，他還千方百計的想消滅忍者戰隊，透過歪博士的協助，他的奸計能夠得逞嗎？
#15-強敵
貴公子二世為了打倒忍者戰隊，不擇手段特地到妖怪監獄裡，將令妖怪也害怕的恐怖妖怪｜酒吞童子放出，要他們去對付忍者戰隊，並安排花之句一組協助酒吞童子兄弟，於是忍者戰隊被一一擊敗，陷入前所未有的危機當中。
#16-赤猿退鬼
忍者戰隊因中了酒吞童子及花之句一組的計，以致四人被補，只有佐助僥倖逃脫，身受重傷的佐助找到酒吞童子兄弟藏身之處，用計將四人救出，並破了酒吞童子兄弟的一體劍，佐助在無意中得知在妖怪背後操縱的是貴公子二世。
#17- 魔劍與內褲
才藏剛拿到新車、想載美女兜風巧遇一女、將他的新車砍爛、經查證該女是個木網女妖在一名為小徹的小男孩的幫助下、五位忍者想透過照片分析破解魔劍之法無效 .... 。
#18-哈囉、香菇弟弟
忍者戰隊一次發現座墊童子這個小孩身手靈活､是個專門給小孩帶來喜樂的善良妖怪､誰知朱尼亞硬要得到他､將他惡化､四處破壞；最後雖以誠心感動了他､座墊童子卻為了朱尼亞力拼喪命。
#19-黑暗的地獄陷阱
小悟發現土蜘蛛的惡行報告忍者戰隊，眾隊友前去查訪，發現多人行蹤不明，被土蜘蛛做成人肉臘腸，鶴姬三人不聽佐助之勸，誤入陷阱，還好最後終於脫逃。
#20 -花之組第一組
花之第一組這次專程來對付佐助，想一一擊破打倒忍者戰隊，一個叫真一的小男孩無辜受害，成了佐助的包袱，佐助陷於困境，幸有隊友及時趕到，齊心退敵。
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